Algumas gemas podem se originar de animais ou vegetais, que são fontes antigas de ornamentos usados pelo homem. Esses tipos de gema são mais frágeis e menos densos. Entre elas estão:

Âmbar – O âmbar é o nome dado às resinas fósseis encontradas em árvores. Dentro dessas resinas, geralmente encontram-se animais, que servem de prova para suas origens e de testemunha do passado, já que geralmente elas são bastante antigas, datadas de até milhões de anos atrás. Sua cor é geralmente amarelada.

Azeviche – O azeviche é uma madeira/carvão fossilizada, de cor geralmente escura (marrom/preta), de fácil modo de esculpir e polir. Na Era Vitoriana, ele era muito usado para confeccionar acessórios esotéricos e de luto. Apresenta um aspecto escuro e aveludado, com fácil uso para escultura.

Marfim – O marfim são as presas (dentes) de animais como o elefante, morsa, hipopótamo, javali, narval e cachalote. Esses dentes são compostos principalmente de mineral de fosfato, hidroxi-apatite e compostos orgânicos. Cada animal tem presas diferentes, fazendo, assim, com que existam diferentes formas e texturas de marfim.

Pérola – A pérola é um material orgânico em forma de esfera, produzida por determinadas espécies de moluscos aquáticos. Entre os mais conhecidos produtores dessa gema orgânica estão a ostra e o mexilhão. A criação da pérola se dá no momento em que corpos estranhos que invadem o organismo desses moluscos, como um grão de areia, entram em reação com esses organismos. Essa gema é muito valiosa e apreciada nas joalherias, e muito utilizada como colar de pérolas.

Coral – O coral é um tipo de esqueleto segregado formado por pequenos animais marinhos chamados 'pólipos'. Esses corais podem ter várias cores, como vermelho, azul, rosa, branco, preto e dourado.

Concha – As conchas sempre tiveram o fascínio do homem por suas variadas formas, camadas e tamanhos. Elas são revestidas de madrepérola em sua maioria. São órgãos rígidos e externos, bem característicos dos moluscos.